Đặt vấn đề: Năm 2011, virus dengue týp 4 (DENV-4) tái xuất hiện sau một thời gian dài lưu hành ở tần suất thấp ở khu vực phía Nam từ 2003 đến 2010. Kết quả phân tích phân tử trước đây của cả bốn týp virus dengue gây bệnh sốt xuất huyết dengue (SXHD) ở khu vực phía nam Việt Nam từ 2001 đến 20107 đã dự đoán sự gia tăng nhanh của DENV-4 trong giai đoạn sắp tới so với các týp virus dengue còn lại. Vì thế, việc nghiên cứu dịch tễ học phân tử các DENV-4 gây bệnh SXHD năm 2011 là cần thiết. Mục tiêu nghiên cứu: Xác định tỷ lệ tiến triển di truyền của DENV-4 lưu hành ở khu vực phía Nam Việt Nam năm 2011. Phương pháp nghiên cứu: ARN của 21 DENV-4 khảo sát được tách chiết từ nước nổi tế bào muỗi gây nhiễm và từ huyết thanh bệnh nhân SXHD, giải trình tự toàn bộ vùng gen vỏ (E) và phân tích so sánh di truyền với 39 DENV-4 trên thế giới và khu vực. 83 trình tự gen vỏ của DENV-4 phân lập từ người ở 12 quốc gia và trong khoảng 55 năm được nghiên cứu phân tích tốc độ tiến hóa. Kết quả: Có 4 genotype của các DENV-4 trên thế giới với ngưỡng khác biệt 6% nucleotide. Vùng gen vỏ E của các chủng DENV-4 khu vực phía Nam Việt Nam năm 2011 khác biệt di truyền (từ 0,1 đến 4,9) gia tăng so với các chủng DENV-4 Việt Nam năm 2001-2010 (từ 0,1 đến 4,2) và cùng nhóm genotype lớn với các chủng DENV-4 lưu hành ở khu vực Đông Nam Á. Tốc độ tiến hóa của các chủng DENV-4 Việt Nam năm 2011 là 12,7 x 10-4± 1,01 x 10-4, tương tự như các chủng DENV-4 trong 10 năm trước. Kết luận: Các DENV-4 gây dịch ở khu vực phía nam Việt Nam năm 2011 vẫn thuộc các genotype I, nhưng đã biểu lộ sự tích lũy đột biến và gia tăng khác biệt di truyền.
8 trang |
Chia sẻ: thanhuyen291 | Ngày: 14/06/2022 | Lượt xem: 304 | Lượt tải: 0
Bạn đang xem nội dung tài liệu Giám sát dịch tễ học phân tử virus dengue týp 4 lưu hành ở khu vực phía nam Việt Nam, năm 2011, để tải tài liệu về máy bạn click vào nút DOWNLOAD ở trên
Y Học TP. Hồ Chí Minh * Tập 16 * Phụ bản của Số 2 * 2012 Nghiên cứu Y học
Chuyên Đề Nhi Khoa 191
GIÁM SÁT DỊCH TỄ HỌC PHÂN TỬ VIRUS DENGUE TÝP 4 LƯU HÀNH
Ở KHU VỰC PHÍA NAM VIỆT NAM, NĂM 2011
Vũ Thị Quế Hương*, Đặng Anh Tuấn*, Vũ Đình Luân*, Trần Ngọc Hữu*
TÓM TẮT
Đặt vấn đề: Năm 2011, virus dengue týp 4 (DENV-4) tái xuất hiện sau một thời gian dài lưu hành ở tần
suất thấp ở khu vực phía Nam từ 2003 đến 2010. Kết quả phân tích phân tử trước đây của cả bốn týp virus
dengue gây bệnh sốt xuất huyết dengue (SXHD) ở khu vực phía nam Việt Nam từ 2001 đến 20107 đã dự đoán
sự gia tăng nhanh của DENV-4 trong giai đoạn sắp tới so với các týp virus dengue còn lại. Vì thế, việc nghiên
cứu dịch tễ học phân tử các DENV-4 gây bệnh SXHD năm 2011 là cần thiết.
Mục tiêu nghiên cứu: Xác định tỷ lệ tiến triển di truyền của DENV-4 lưu hành ở khu vực phía Nam Việt
Nam năm 2011.
Phương pháp nghiên cứu: ARN của 21 DENV-4 khảo sát được tách chiết từ nước nổi tế bào muỗi gây
nhiễm và từ huyết thanh bệnh nhân SXHD, giải trình tự toàn bộ vùng gen vỏ (E) và phân tích so sánh di truyền
với 39 DENV-4 trên thế giới và khu vực. 83 trình tự gen vỏ của DENV-4 phân lập từ người ở 12 quốc gia và
trong khoảng 55 năm được nghiên cứu phân tích tốc độ tiến hóa.
Kết quả: Có 4 genotype của các DENV-4 trên thế giới với ngưỡng khác biệt 6% nucleotide. Vùng gen vỏ E
của các chủng DENV-4 khu vực phía Nam Việt Nam năm 2011 khác biệt di truyền (từ 0,1 đến 4,9) gia tăng so
với các chủng DENV-4 Việt Nam năm 2001-2010 (từ 0,1 đến 4,2) và cùng nhóm genotype lớn với các chủng
DENV-4 lưu hành ở khu vực Đông Nam Á. Tốc độ tiến hóa của các chủng DENV-4 Việt Nam năm 2011 là 12,7
x 10-4± 1,01 x 10-4, tương tự như các chủng DENV-4 trong 10 năm trước.
Kết luận: Các DENV-4 gây dịch ở khu vực phía nam Việt Nam năm 2011 vẫn thuộc các genotype I, nhưng
đã biểu lộ sự tích lũy đột biến và gia tăng khác biệt di truyền.
Từ khóa: sốt xuất huyết-4, dịch tễ học phân tử, kiểu gen, miền Nam Việt Nam.
ABSTRACT
MOLECULAR EPIDEMIOLOGICAL SURVEILLANCE OF DENGUE VIRUS SEROTYPE 4
CIRCULATING IN SOUTHERN VIETNAM IN 2011
Vu Thi Que Huong, Dang Anh Tuan, Vu Dinh Luan, Tran Ngoc Huu
* Y Hoc TP. Ho Chi Minh * Vol. 16 - Supplement of No 2 - 2012: 191 - 199
Background: After a low frequent circulation during 2003-2010, Dengue virus serotype 4 (DENV-4) has
been reemerging in southern Vietnam in 2011. The previous result on genetic analysis of four DENV serotypes
causing dengue hemorrhagic fever (DHF) in southern Vietnam from 2001 to 20107 has estimated the rapid
increase of DENV-4 in coming years in comparison with other serotypes. Therefore, the molecular epidemiological
study of DENV-4 causing DHF in 2011 was necessary.
Objective: To determine the genetic evolutionary rate of DENV-4 isolates circulating in southern Vietnam
in 2011.
Method: The ARN of 21 studied DENV-4 strains was extracted from DHF patients’ sera and infected
mosquito culture surnageants, then its envelope (E) gene was sequenced and analyzed in comparison with other
* Viện Pasteur Thành phố Hồ Chí Minh
Tác giả liên hệ: PGS.TS. Vũ Thị Quế Hương ĐT: 0903678809 Email: huongpasteur@hotmail.com
Nghiên cứu Y học Y Học TP. Hồ Chí Minh * Tập 16 * Phụ bản của Số 2 * 2012
Chuyên Đề Nhi Khoa 192
39 DENV-4 isolated in the region and the world. However, 83 E gene sequences of DENV-4 isolated from
patients in 12 countries during 55 years were analyzed its genetic evolutionary speed.
Results: There are 4 genotypes of DENV-4 isolates in the world with 6% nucleotide difference. E gene
sequence of DENV-4 isolates from Southern Vietnam in 2011 have had nucleotide difference from 0.1 to 4.9 that
has increasing in comparison with ones of 2001-2010 (from 0.1 to 4.2) and belong to same genotype group with
DENV-4 isolates circulating in Southeast Aisa region. The evolutionary speed of 2011 Vietnamese DENV-4
isolates was 12.7 x 10-4± 1.01 x 10-4, that is the same of ones circulating in southern Vietnam during ten previous
years.
Conclusion: The analyzed result has showed that epidemic DENV-4 isolates in southern Vietnam in 2011
still belong to genotype I, but has had its mutation accumulation and increasing genetic difference.
Keywords: dengue-4, molecular epidemiology, genotype, southern Vietnam.
ĐẶT VẤN ĐỀ
Các virus Dengue (DENV) lây truyền từ
người sang người, chủ yếu do muỗi Aedes aegypti
và lưu hành dịch ở hầu hết các vùng nhiệt đới
trên thế giới. Ở Việt Nam, có sự lưu hành của cả 4
týp huyết thanh DENV với tỷ lệ chiếm ưu thế
thay đổi theo từng giai đoạn. Với tỷ lệ lưu hành
74%, DENV-3 trở thành týp virus gây dịch chủ
yếu của dịch sốt xuất huyết dengue (SXHD) lớn
trong cả nước năm 1998. Sau đó, lần lượt chuyển
sang DENV-4 năm 1999-2002, rồi DENV-2 từ
2003-2006 và DENV-1 từ 2007 đến nay(2,6). Phân
tích trình tự nucleotide và di truyền phả hệ cho
phép xếp loại các DENV thành các genotype
khác nhau. Vì là kháng nguyên quan trọng tạo
miễn dịch thể dịch, có vai trò trong quá trình gắn
kết vào tế bào k ý chủ và đóng gói virus, nên
vùng gen vỏ (E) của DENV thường được sử dụng
trong các nghiên cứu dịch tễ học phân tử(3). Kết
quả khảo sát sự biến động di truyền DENV gây
bệnh SXHD trên cả 4 týp DENV phân lập ở khu
vực phía nam Việt Nam từ 2001 đến 2010(7) đã dự
đoán sự gia tăng nhanh của DENV-4 so với các
týp DENV còn lại trong giai đoạn sắp tới. Vì thế,
việc nghiên cứu dịch tễ học phân tử các DENV-4
trong mùa dịch SXHD năm 2011 là cần thiết.
Mục tiêu nghiên cứu
Xác định tỷ lệ tiến triển di truyền của DENV-4
lưu hành ở khu vực phía Nam Việt Nam năm
2011.
PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU
Vật liệu nghiên cứu
21 chủng DENV-4 nghiên cứu được phân lập
từ bệnh phẩm bệnh nhân SXHD ở khu vực phía
Nam Việt Nam trong năm 2011 (bảng 1), lưu trữ
tại phòng thí nghiệm Arbovirus – viện Pasteur
thành phố Hồ Chí Minh trong khuôn khổ hoạt
động giám sát virus-huyết thanh học bệnh SXHD
thường xuyên của Dự án phòng chống các bệnh
lây nhiễm – thành phần phòng chống Sốt xuất
huyết khu vực phía Nam. 39 trình tự gen vỏ của
các DENV-4 phân lập từ khu vực và trên thế giới
thu thập từ GenBank được đưa vào phân tích so
sánh di truyền (Phụ lục 1).
Bảng 1: Danh sách các chủng DENV-4 nghiên cứu ở
khu vực phía Nam năm 2011 (đang đăng ký trên
GenBank)
TT Tên chủng Thời gian Địa phương
1 ST-1855-11 06/2011 Sóc Trăng
2 CT-2712-11 07/2011 Cần Thơ
3 CT-2714-11 07/2011 Cần Thơ
4 DT-2723-11 07/2011 Đồng Tháp
5 KG-2794-11 07/2011 Kiên Giang
6 AG-2864-11 07/2011 An Giang
7 BL-2904-11 08/2011 Bạc Liêu
8 KG-2917-11 08/2011 Kiên Giang
9 DN-3253-11 08/2011 Đồng Nai
10 VT-3540-11 08/2011 Vũng Tàu
11 DT-3576-11 08/2011 Đồng Tháp
TT Tên chủng Thời gian Địa phương
12 AG-3537-11 09/2011 An Giang
13 ST-3664-11 09/2011 Sóc Trăng
14 BD-3831-11 09/2011 Bình Dương
15 SG-3847-11 09/2011 TP.HCM
Y Học TP. Hồ Chí Minh * Tập 16 * Phụ bản của Số 2 * 2012 Nghiên cứu Y học
Chuyên Đề Nhi Khoa 193
TT Tên chủng Thời gian Địa phương
16 CM-3870-11 09/2011 Cà Mau
17 LA-3890-11 09/2011 Long An
18 BL-3893-11 09/2011 Bạc Liêu
19 TG-3894-11 09/2011 Tiền Giang
20 BT-3976-11 09/2011 Bến Tre
21 VL-4397-11 10/2011 Vĩnh Long
Phương pháp nghiên cứu
Xác định týp DENV-4 bằng nuôi cấy tế bào và
miễn dịch huỳnh quang với kháng thể đơn
dòng đặc hiệu týp.
DENV-4 được phân lập trên nuôi tế bào muỗi
Aedes albopictus dòng C6/36 trong môi trường
Eagle’s MEM (= Minimum Essential Medium) bổ
sung 2% huyết thanh bào thai bê và các acid
amine không thiết yếu, ủ ở 28ºC trong 7 ngày và
định danh týp huyết thanh bằng phương pháp
miễn dịch huỳnh quang gián tiếp với kháng thể
đơn dòng đặc hiệu týp(2).
Chiết xuất ARN của chủng DENV-4 và khuếch
đại vùng gen vỏ bằng RT-PCR.
ARN của DENV-4 được chiết xuất từ hỗn dịch
nước nổi tế bào gây nhiễm DENV-4 và từ huyết
thanh bệnh nhân bằng kít Qiagen (QIAampR
Viral RNA Mini Kit) và khuếch đại vùng gen vỏ
E bằng RT-PCR với mồi tương ứng(7).
Giải trình tự nucleotide và phân tích so sánh
di truyền
Sau đó, toàn bộ vùng gen E được giải trình tự.
Sản phẩm PCR được tinh chế và trình tự
nucleotide được xác định bằng bộ sinh phẩm Big
Dye Terminator Cycle Sequencing Reaction và
máy xác định trình tự tự động ABI 310 (Applied
Biosystems). Các trình tự gen E của DENV-4
nghiên cứu đang được đăng ký trên GenBank.
Phân tích so sánh chuỗi trình tự nucleotide
bằng phần mềm MEGA5, CLC Workbench,
Bioedit and Blast (NCBI). Phương pháp
Maximum Likelihood được dùng để xây dựng
cây phả hệ với phân tích bootstrap của 100 bản
sao(6). Tốc độ tiến hóa và phân tích dự đoán xu
hướng tiến hóa được xác định bằng phần mềm
PAML 4.4 và BEAST v1.6.1(4,9,10).
KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU.
So sánh trình tự nucleotide và xác định
genotype các DENV-4 ở khu vực phía Nam
Việt Nam năm 2011.
Trình tự gen vỏ E của 60 DENV phân lập từ
người và động vật linh trưởng được phân tích di
truyền và xác định sự khác biệt trình tự
nucleotide.
Bảng 2: Kết quả so sánh trình tự nucleotide vùng
gen E của các DENV-4 Việt Nam
C
H
Ủ
N
G
N
G
H
IÊ
N
C
Ứ
U
DEN
-4
CHỦNG
DENV-4
2011
CHỦNG
DENV-4
(2000-
2010)
GENOTYPE
I* II III IV
#
0.1-4.9
0.1-4.2 1.6-
7.9
8.1-
11.5
10.5-
12.2
15.7-
17.7
Kết quả so sánh được thể hiện bằng phần
trăm khác biệt giữa các trình tự nu. #: các
genotype của DENV-4 được phân theo thứ tự
sau: I, II, III và IV (gồm các chủng phân lập trên
động vật linh trưởng); * sự biến động di truyền gia
tăng trên 6% chủ yếu ở các chủng thu thập ở Mã
Lai, Sri Lanka, Ấn Độ và Philippines, còn lại toàn
bộ các chủng trong khu vực Đông Nam Á đều có
ngưỡng dưới 6%.
Theo quy chuẩn phân loại genotype của
Rico-Hesse, các genotype được xác định dựa trên
sự khác biệt về trình tự nucleotide với giá trị
ngưỡng 6%, nghĩa là trình tự nucleotide của các
DENV-4 thuộc cùng genotype có mức độ khác
biệt với nhau < 6%.
Nghiên cứu Y học Y Học TP. Hồ Chí Minh * Tập 16 * Phụ bản của Số 2 * 2012
Chuyên Đề Nhi Khoa 194
Hình 1: Phân tích so sánh trình tự nucleotide vùng gen E (1,479 Kbp) của các DENV-4
Kết quả phân tích di truyền phả hệ các chủng
DENV-4 theo phương pháp Maximum
Likelihood dựa trên toàn bộ trình tự vùng gen E.
Số ghi ở nút cuối mỗi nhánh biểu hiện phần trăm
kết quả lặp lại với độ tin cậy Bootstrap 100, chiều
dài mỗi nhánh biểu hiện ở dạng thập phân, chỉ
biểu hiện bootstrap >70%. Các chủng sử dụng để
so sánh đều được tham chiếu trên GenBank (bảng
1). : các chủng DENV-4 Việt Nam trong nghiên
cứu (hiện đang đăng ký GenBank).
Kết quả so sánh cho thấy các chủng DENV-4
lưu hành ở khu vực phía nam Việt Nam năm
2011 trong nghiên cứu được xác định thuộc về
genotype I (bảng 2 và hình 1). Trong khi đó, các
chủng DENV-4 ở khu vực Châu Á (như Ấn Độ,
Sri Lanka, Mã Lai và Philippines trong giai đoạn
1956-1978) lại có độ sai biệt lớn hơn 6%. Đồng
thời, nhằm mô hình hóa và xác định rõ hơn mối
quan hệ di truyền giữa các DENV-4 nghiên cứu,
phân tích di truyền phả hệ đã được tiến hành dựa
trên phương pháp ML.
Kết quả phân tích tốc độ tiến hóa dựa trên
vùng gen E của các DENV-4 Việt Nam trong
thời gian 2001-2011.
Tổng số 83 trình tự vùng gen E của các chủng
DENV-4 phân lập từ người ở 12 quốc gia trong
khoảng thời gian 55 năm được đưa vào phân tích
nhằm khảo sát sự biến động di truyền của các
DENV-4 lưu hành ở khu vực phía Nam Việt
Nam trong suốt khoảng thời 2001-2011 (Phụ lục
1). Tốc độ tiến hóa được xác định dựa trên phần
mềm PAML 4.4, sau đó được xác nhận lại bằng
Y Học TP. Hồ Chí Minh * Tập 16 * Phụ bản của Số 2 * 2012 Nghiên cứu Y học
Chuyên Đề Nhi Khoa 195
phần mềm BEASTv 1.6.1 theo phương pháp
Bayesian Markov chain Monte Carlo
(MCMC)(10). Nhằm đảm bảo độ tin cậy của kết quả
phân tích, các giả thuyết về đồng hồ phân tử và
tính bão hòa của các trình tự được đưa vào trong
phân tích đều được xác định lại với các phần mềm
như MEGA5, DAMBE(4,9). Kết quả phân tích được
trình bày cụ thể ở bảng 3.
Bảng 3: Kết quả phân tích tốc độ tiến hóa và kiểm tra
giả thuyết đồng hồ phân tử.
Tốc độ tiến hóa được xác định theo đơn vị
thay đổi/vị trí/năm
BÀN LUẬN
Theo kết quả phân tích genotype trên cây di
truyền phả hệ, các chủng DENV-4 lưu hành ở
khu vực phía Nam Việt Nam năm 2011 đều tập
trung vào một nhóm chung với các chủng
DENV-4 đại diện cho khu vực Đông Nam Á. Kết
quả phân tích genotype của các chủng DENV-4
Việt Nam đều thuộc genotype 1, phù hợp với kết
quả đã công bố ở những công trình nghiên cứu
trước(7) và cho thấy sự tương quan rõ rệt về mặt
thời gian. Riêng các chủng DENV-4 lưu hành ở
khu vực phía Nam Việt Nam, mặc dù thuộc cùng
genotype 1 nhưng đã cho thấy xu hướng chia
làm hai cụm riêng biệt, cụm 1 bao gồm các chủng
phân lập từ 1990 đến 1997; và cụm 2 gồm các
chủng còn lại phân lập từ 1998 đến 2011 (hình 1).
Ngoài ra, kết quả còn gợi ý sự tương quan giữa
khác biệt di truyền và phân bố địa lý. Việt Nam
gần với Thái Lan nên có tỷ lệ khác biệt tương đối
thấp (< 6%, trung bình là 3,563%), trong khi đó tỷ
lệ khác biệt đã gia tăng (5,8%-7,9%) đối với chủng
ở Srilanka, Mã Lai và Ấn độ.
Phân tích sâu hơn trong nhóm genotype I
cho thấy có sự phân hoá thành hai nhóm riêng
biệt: nhóm 1 gồm các chủng của Việt Nam và
Thái Lan; nhóm 2 gồm các chủng của Ấn Độ, Mã
Lai, Sri Lanka. Điều này gợi ý sự tiến hoá phân
kỳ mạnh mẽ trong các các chủng DENV-4 thuộc
genotype I theo trục địa lý từ Tây sang Đông ở
khu vực Ấn độ dương, có khả năng xuất hiện
genotype mới ở khu vực Châu Á trong tương lai.
Xu hướng tiến hóa này của các chủng DENV-
4 ở khu vực phía Nam Việt Nam được xác định rõ
hơn trong phân tích về tốc độ tiến hóa. Việc xác
đinh xu hướng tiến hóa và tốc độ tiến hóa hoàn
toàn phụ thuộc vào giả thuyết đồng hồ phân tử
(molecular clock). Nói một cách khác đế xác đinh
được tốc độ tiến hóa phải bảo đảm được rằng tất cả
các chủng loài đưa vào phân tích phải có cùng
một tốc độ tiến hóa. Đây chính là giả thuyết của
đồng hồ phân tử. Điều này hầu như là không thể
xảy ra trong tự nhiên nhất là khi quan sát trên
các loài sinh vật bậc cao trong một khoảng thời
gian dài. Trong trường hợp đối tượng nghiên cứu
là virus với thời gian nghiên cứu tương đối ngắn
thì ước lượng đồng hồ phân tử sẽ chính xác hơn.
Tuy nhiên, nhằm bảo đảm độ tin cậy của phân
tích, giả thuyết đồng hồ phân tử cần được kiểm
chứng lại bằng các công cụ thống kê. Trong
khuôn khổ nghiên cứu này, Likelihood ratio test
(LRT) được sử dụng như một công cụ kiểm chứng.
Test LRT dựa trên sự so sánh xác xuất
“Likelihood” giữa hai giả thuyết H0 “tốc độ tiến
hóa giữa các chủng nghiên cứu là như nhau” và
H1 “tốc độ tiến hóa giữa các chủng nghiên cứu là
khác nhau”. Dựa trên kết quả nghiên cứu trước
đây, các chủng DENV-4 được xác định có xu
hướng tiến hóa nhanh nhất trong 4 serotype là
12,7x10-4 ± 1,01x10-4 (hình 2), phù hợp với kết quả
phân tích của nghiên cứu trước đó(7).
Đồ thị được xây dựng bằng phân tích tuyến
tính trên phần mềm Micro-Origin 6.0, với hệ số
tuyến tính R2 với p-value là xác suất xu hướng
tuyến tính xảy ra một các ngẫu nhiên.
Hơn nữa, kết quả nghiên cứu cho thấy sự
tương đồng cao với nghiên cứu DENV-4 trước đó
ở Thái Lan trong 30 năm (1976-2002) với 109
chủng(1) có tốc độ tiến hóa là 10,7x10-4 ± 2,46x10-4.
Đây là tỷ lệ tiến hóa nhanh nhất của genotype 1 ở
các chủng DENV-4 từng được xác định, cao hơn
gần 35% so với nghiên cứu của Lanciotti(5) năm
1997 là 8,3x10-4. Điều này được giải thích dựa trên
SEROTYPE
Tổ tiên
gần nhất
Tốc độ tiến
hóa
Mô hình
tiến hóa
Giả thuyết
đồng hồ
DEN-4
1953
(1951-
1955)
12,7x10-4
± 1,01x10
-4
TN93 +G Strick clock
Nghiên cứu Y học Y Học TP. Hồ Chí Minh * Tập 16 * Phụ bản của Số 2 * 2012
Chuyên Đề Nhi Khoa 196
sự khác biệt về phương pháp phân tích, nghiên
cứu của khu vực phía nam Việt Nam và Thái Lan
được phân tích theo phương pháp Markov chain
Monte Carlo (MCMC) của Bayse, trong khi đó
nghiên cứu của Lanciotti lại dựa trên phương
pháp phân tích tuyến tính thông thường. Như
vậy, tầm quan trọng trong việc lựa chọn phương
pháp phân tích cần được quan tâm khi làm việc
trên thuyết đồng hồ sinh học. Kết quả của nghiên
cứu ở Thái Lan(1) được đáng giá là có độ tin cậy
cao hơn vì thời gian khảo sát dài (30 năm) với
một số lượng chủng lớn (109 chủng) và kết quả
nghiên cứu có tính đại diện hơn. Do đó, việc lựa
chọn chủng nghiên cứu, thời điểm thu nhận các
chủng và phương pháp phân tích sẽ dẫn đến
những kết quả rất khác nhau.
Hình 2: Kết quả so sánh tốc độ tiến hóa của các
chủng DENV thuộc 4 seroptype trong giai đoạn
2001-2010 tại miền nam Việt Nam(7).
Để củng cố thêm cho giả thuyết trên, phân
tích “Áp lực tiến hóa” đã được thực hiện trên
vùng gen E. Toàn bộ trình tự axit amin các chủng
DENV-4 nghiên cứu được đưa vào phân tích,
nhằm xác định số lượng đột biến có ý nghĩa (dS)
và không có ý nghĩa (dN) trên từng vị trí và từng
codon. Sau đó, tỷ lệ dS/dN được tính toán để xác
định sự tích lũy đột biến này là có hay không có
sự tham gia và ảnh hưởng của các chủng du nhập
hay chỉ đơn thuần là sự tiến hóa tại chỗ. Kết quả
phân tích cho thấy tỷ lệ dS/dN là 21,58 (dS=0,367;
dN=0,017). Tỷ lệ này phản ảnh sự gia tăng rất
nhanh việc tích lũy các đột biến im lặng vượt trội
hơn các đột biến có ý nghĩa ở mức độ axit amin.
Điều này cho thấy đây là sự tích lũy đột biến tại
chỗ ít bị ảnh hưởng của các chủng du nhập(4).
Hình 3: Tỷ lệ phát hiện các DENV ở khu vực phía
Nam năm 2011.
Hơn nữa, sự lưu hành DENV-4 với tần suất
thấp trong suốt thời gian dài (2003-2010) so với
các seroptype khác tại khu vực phía Nam Việt
Nam, lại đột nhiên tái xuất hiện từ giữa năm 2011
và lan nhanh nhiều tỉnh ở khu vực phía Nam
(hình 3). Năm 2011, mặc dù DENV-1 vẫn là
serotype chiếm ưu thế (41,8%), nhưng đã có 16/20
tỉnh ở khu vực phía Nam Việt Nam có sự hiện
diện của DENV-4 với 21,5%, tăng gấp 4 lần so với
giai đoạn 2000-2010 (là 5,09%), trong đó Tiền
Giang là tỉnh lưu hành DENV-4 rộng rãi nhất
(chiếm 59,6%). Hơn nữa, dựa trên tỷ lệ lưu hành
của DENV-4 ở khu vực phía Nam, ta có thể thấy
rõ sự phân bố địa lý theo trục Đông –Tây với hầu
hết các chủng DENV-4 tập trung chủ yếu ở các
tỉnh phía Tây và rất khiêm tốn ở các tỉnh phía
Đông như Bình Dương, Tây Ninh, Đồng Nai và
Lâm Đồng (chiếm 0-3,5%). Sau Tiền Giang, tỉnh
Cà Mau là nơi lưu hành DENV-4 (với 38,1%) và
là tỉnh phát hiện DENV-4 đầu tiên, rồi lan nhanh
sang các tỉnh lân cận (số liệu chưa công bố). Sự
tái xuất hiện của DENV-4 trùng khớp với kết quả
phân tích dự đoán của nghiên cứu trước đó(7).
Theo di truyền quần thể trong tự nhiên, việc đột
biến được tích lũy qua các thế hệ thông qua việc
trao đổi thông tin di truyền giữa các cá thể. Sự
tích lũy sẽ gia tăng khi quá trình trao đổi thông
tin di truyền diễn ra mạnh mẽ và ngược lại(1). Do
đó, với xu hướng tiến hóa gia tăng nhanh hơn các
Y Học TP. Hồ Chí Minh * Tập 16 * Phụ bản của Số 2 * 2012 Nghiên cứu Y học
Chuyên Đề Nhi Khoa 197
serotype còn lại trong giai đoạn 2001-2010,
DENV-4 khu vực phía Nam Việt Nam đã duy trì
hoạt động di truyền mạnh mẽ và lưu hành rộng
rãi trong cộng đồng. Tuy nhiên, số liệu giám sát
virus học bệnh SXHD chưa cho thấy điều phù
hợp, có thể lý giải như sau: thứ nhất, bệnh do
DENV-4 thường nhẹ nên có khả năng bỏ sót ca
bệnh; thứ hai, có thể là khuyết điểm khách quan
của hệ thống giám sát virus học bệnh SXHD
trong Dự án phòng chống bệnh truyền nhiễm –
thành phần phòng chống SXH khu vực phía
Nam Việt Nam, với tỷ lệ xét nghiệm phân lập
virus rất thấp (khoảng 3% ca SXHD lâm sàng)
nên các ca bệnh thường được chọn để lấy mẫu
phân lập virus là các ca có biểu hiện bệnh rõ
ràng; và sự lưu hành đồng thời của 4 serotype
DENV đã làm cho việc dự báo dịch dựa trên