Giám sát dịch tễ học phân tử virus dengue týp 4 lưu hành ở khu vực phía nam Việt Nam, năm 2011

Đặt vấn đề: Năm 2011, virus dengue týp 4 (DENV-4) tái xuất hiện sau một thời gian dài lưu hành ở tần suất thấp ở khu vực phía Nam từ 2003 đến 2010. Kết quả phân tích phân tử trước đây của cả bốn týp virus dengue gây bệnh sốt xuất huyết dengue (SXHD) ở khu vực phía nam Việt Nam từ 2001 đến 20107 đã dự đoán sự gia tăng nhanh của DENV-4 trong giai đoạn sắp tới so với các týp virus dengue còn lại. Vì thế, việc nghiên cứu dịch tễ học phân tử các DENV-4 gây bệnh SXHD năm 2011 là cần thiết. Mục tiêu nghiên cứu: Xác định tỷ lệ tiến triển di truyền của DENV-4 lưu hành ở khu vực phía Nam Việt Nam năm 2011. Phương pháp nghiên cứu: ARN của 21 DENV-4 khảo sát được tách chiết từ nước nổi tế bào muỗi gây nhiễm và từ huyết thanh bệnh nhân SXHD, giải trình tự toàn bộ vùng gen vỏ (E) và phân tích so sánh di truyền với 39 DENV-4 trên thế giới và khu vực. 83 trình tự gen vỏ của DENV-4 phân lập từ người ở 12 quốc gia và trong khoảng 55 năm được nghiên cứu phân tích tốc độ tiến hóa. Kết quả: Có 4 genotype của các DENV-4 trên thế giới với ngưỡng khác biệt 6% nucleotide. Vùng gen vỏ E của các chủng DENV-4 khu vực phía Nam Việt Nam năm 2011 khác biệt di truyền (từ 0,1 đến 4,9) gia tăng so với các chủng DENV-4 Việt Nam năm 2001-2010 (từ 0,1 đến 4,2) và cùng nhóm genotype lớn với các chủng DENV-4 lưu hành ở khu vực Đông Nam Á. Tốc độ tiến hóa của các chủng DENV-4 Việt Nam năm 2011 là 12,7 x 10-4± 1,01 x 10-4, tương tự như các chủng DENV-4 trong 10 năm trước. Kết luận: Các DENV-4 gây dịch ở khu vực phía nam Việt Nam năm 2011 vẫn thuộc các genotype I, nhưng đã biểu lộ sự tích lũy đột biến và gia tăng khác biệt di truyền.

pdf8 trang | Chia sẻ: thanhuyen291 | Ngày: 14/06/2022 | Lượt xem: 201 | Lượt tải: 0download
Bạn đang xem nội dung tài liệu Giám sát dịch tễ học phân tử virus dengue týp 4 lưu hành ở khu vực phía nam Việt Nam, năm 2011, để tải tài liệu về máy bạn click vào nút DOWNLOAD ở trên
Y Học TP. Hồ Chí Minh * Tập 16 * Phụ bản của Số 2 * 2012 Nghiên cứu Y học Chuyên Đề Nhi Khoa 191 GIÁM SÁT DỊCH TỄ HỌC PHÂN TỬ VIRUS DENGUE TÝP 4 LƯU HÀNH Ở KHU VỰC PHÍA NAM VIỆT NAM, NĂM 2011 Vũ Thị Quế Hương*, Đặng Anh Tuấn*, Vũ Đình Luân*, Trần Ngọc Hữu* TÓM TẮT Đặt vấn đề: Năm 2011, virus dengue týp 4 (DENV-4) tái xuất hiện sau một thời gian dài lưu hành ở tần suất thấp ở khu vực phía Nam từ 2003 đến 2010. Kết quả phân tích phân tử trước đây của cả bốn týp virus dengue gây bệnh sốt xuất huyết dengue (SXHD) ở khu vực phía nam Việt Nam từ 2001 đến 20107 đã dự đoán sự gia tăng nhanh của DENV-4 trong giai đoạn sắp tới so với các týp virus dengue còn lại. Vì thế, việc nghiên cứu dịch tễ học phân tử các DENV-4 gây bệnh SXHD năm 2011 là cần thiết. Mục tiêu nghiên cứu: Xác định tỷ lệ tiến triển di truyền của DENV-4 lưu hành ở khu vực phía Nam Việt Nam năm 2011. Phương pháp nghiên cứu: ARN của 21 DENV-4 khảo sát được tách chiết từ nước nổi tế bào muỗi gây nhiễm và từ huyết thanh bệnh nhân SXHD, giải trình tự toàn bộ vùng gen vỏ (E) và phân tích so sánh di truyền với 39 DENV-4 trên thế giới và khu vực. 83 trình tự gen vỏ của DENV-4 phân lập từ người ở 12 quốc gia và trong khoảng 55 năm được nghiên cứu phân tích tốc độ tiến hóa. Kết quả: Có 4 genotype của các DENV-4 trên thế giới với ngưỡng khác biệt 6% nucleotide. Vùng gen vỏ E của các chủng DENV-4 khu vực phía Nam Việt Nam năm 2011 khác biệt di truyền (từ 0,1 đến 4,9) gia tăng so với các chủng DENV-4 Việt Nam năm 2001-2010 (từ 0,1 đến 4,2) và cùng nhóm genotype lớn với các chủng DENV-4 lưu hành ở khu vực Đông Nam Á. Tốc độ tiến hóa của các chủng DENV-4 Việt Nam năm 2011 là 12,7 x 10-4± 1,01 x 10-4, tương tự như các chủng DENV-4 trong 10 năm trước. Kết luận: Các DENV-4 gây dịch ở khu vực phía nam Việt Nam năm 2011 vẫn thuộc các genotype I, nhưng đã biểu lộ sự tích lũy đột biến và gia tăng khác biệt di truyền. Từ khóa: sốt xuất huyết-4, dịch tễ học phân tử, kiểu gen, miền Nam Việt Nam. ABSTRACT MOLECULAR EPIDEMIOLOGICAL SURVEILLANCE OF DENGUE VIRUS SEROTYPE 4 CIRCULATING IN SOUTHERN VIETNAM IN 2011 Vu Thi Que Huong, Dang Anh Tuan, Vu Dinh Luan, Tran Ngoc Huu * Y Hoc TP. Ho Chi Minh * Vol. 16 - Supplement of No 2 - 2012: 191 - 199 Background: After a low frequent circulation during 2003-2010, Dengue virus serotype 4 (DENV-4) has been reemerging in southern Vietnam in 2011. The previous result on genetic analysis of four DENV serotypes causing dengue hemorrhagic fever (DHF) in southern Vietnam from 2001 to 20107 has estimated the rapid increase of DENV-4 in coming years in comparison with other serotypes. Therefore, the molecular epidemiological study of DENV-4 causing DHF in 2011 was necessary. Objective: To determine the genetic evolutionary rate of DENV-4 isolates circulating in southern Vietnam in 2011. Method: The ARN of 21 studied DENV-4 strains was extracted from DHF patients’ sera and infected mosquito culture surnageants, then its envelope (E) gene was sequenced and analyzed in comparison with other * Viện Pasteur Thành phố Hồ Chí Minh Tác giả liên hệ: PGS.TS. Vũ Thị Quế Hương ĐT: 0903678809 Email: huongpasteur@hotmail.com Nghiên cứu Y học Y Học TP. Hồ Chí Minh * Tập 16 * Phụ bản của Số 2 * 2012 Chuyên Đề Nhi Khoa 192 39 DENV-4 isolated in the region and the world. However, 83 E gene sequences of DENV-4 isolated from patients in 12 countries during 55 years were analyzed its genetic evolutionary speed. Results: There are 4 genotypes of DENV-4 isolates in the world with 6% nucleotide difference. E gene sequence of DENV-4 isolates from Southern Vietnam in 2011 have had nucleotide difference from 0.1 to 4.9 that has increasing in comparison with ones of 2001-2010 (from 0.1 to 4.2) and belong to same genotype group with DENV-4 isolates circulating in Southeast Aisa region. The evolutionary speed of 2011 Vietnamese DENV-4 isolates was 12.7 x 10-4± 1.01 x 10-4, that is the same of ones circulating in southern Vietnam during ten previous years. Conclusion: The analyzed result has showed that epidemic DENV-4 isolates in southern Vietnam in 2011 still belong to genotype I, but has had its mutation accumulation and increasing genetic difference. Keywords: dengue-4, molecular epidemiology, genotype, southern Vietnam. ĐẶT VẤN ĐỀ Các virus Dengue (DENV) lây truyền từ người sang người, chủ yếu do muỗi Aedes aegypti và lưu hành dịch ở hầu hết các vùng nhiệt đới trên thế giới. Ở Việt Nam, có sự lưu hành của cả 4 týp huyết thanh DENV với tỷ lệ chiếm ưu thế thay đổi theo từng giai đoạn. Với tỷ lệ lưu hành 74%, DENV-3 trở thành týp virus gây dịch chủ yếu của dịch sốt xuất huyết dengue (SXHD) lớn trong cả nước năm 1998. Sau đó, lần lượt chuyển sang DENV-4 năm 1999-2002, rồi DENV-2 từ 2003-2006 và DENV-1 từ 2007 đến nay(2,6). Phân tích trình tự nucleotide và di truyền phả hệ cho phép xếp loại các DENV thành các genotype khác nhau. Vì là kháng nguyên quan trọng tạo miễn dịch thể dịch, có vai trò trong quá trình gắn kết vào tế bào k ý chủ và đóng gói virus, nên vùng gen vỏ (E) của DENV thường được sử dụng trong các nghiên cứu dịch tễ học phân tử(3). Kết quả khảo sát sự biến động di truyền DENV gây bệnh SXHD trên cả 4 týp DENV phân lập ở khu vực phía nam Việt Nam từ 2001 đến 2010(7) đã dự đoán sự gia tăng nhanh của DENV-4 so với các týp DENV còn lại trong giai đoạn sắp tới. Vì thế, việc nghiên cứu dịch tễ học phân tử các DENV-4 trong mùa dịch SXHD năm 2011 là cần thiết. Mục tiêu nghiên cứu Xác định tỷ lệ tiến triển di truyền của DENV-4 lưu hành ở khu vực phía Nam Việt Nam năm 2011. PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU Vật liệu nghiên cứu 21 chủng DENV-4 nghiên cứu được phân lập từ bệnh phẩm bệnh nhân SXHD ở khu vực phía Nam Việt Nam trong năm 2011 (bảng 1), lưu trữ tại phòng thí nghiệm Arbovirus – viện Pasteur thành phố Hồ Chí Minh trong khuôn khổ hoạt động giám sát virus-huyết thanh học bệnh SXHD thường xuyên của Dự án phòng chống các bệnh lây nhiễm – thành phần phòng chống Sốt xuất huyết khu vực phía Nam. 39 trình tự gen vỏ của các DENV-4 phân lập từ khu vực và trên thế giới thu thập từ GenBank được đưa vào phân tích so sánh di truyền (Phụ lục 1). Bảng 1: Danh sách các chủng DENV-4 nghiên cứu ở khu vực phía Nam năm 2011 (đang đăng ký trên GenBank) TT Tên chủng Thời gian Địa phương 1 ST-1855-11 06/2011 Sóc Trăng 2 CT-2712-11 07/2011 Cần Thơ 3 CT-2714-11 07/2011 Cần Thơ 4 DT-2723-11 07/2011 Đồng Tháp 5 KG-2794-11 07/2011 Kiên Giang 6 AG-2864-11 07/2011 An Giang 7 BL-2904-11 08/2011 Bạc Liêu 8 KG-2917-11 08/2011 Kiên Giang 9 DN-3253-11 08/2011 Đồng Nai 10 VT-3540-11 08/2011 Vũng Tàu 11 DT-3576-11 08/2011 Đồng Tháp TT Tên chủng Thời gian Địa phương 12 AG-3537-11 09/2011 An Giang 13 ST-3664-11 09/2011 Sóc Trăng 14 BD-3831-11 09/2011 Bình Dương 15 SG-3847-11 09/2011 TP.HCM Y Học TP. Hồ Chí Minh * Tập 16 * Phụ bản của Số 2 * 2012 Nghiên cứu Y học Chuyên Đề Nhi Khoa 193 TT Tên chủng Thời gian Địa phương 16 CM-3870-11 09/2011 Cà Mau 17 LA-3890-11 09/2011 Long An 18 BL-3893-11 09/2011 Bạc Liêu 19 TG-3894-11 09/2011 Tiền Giang 20 BT-3976-11 09/2011 Bến Tre 21 VL-4397-11 10/2011 Vĩnh Long Phương pháp nghiên cứu Xác định týp DENV-4 bằng nuôi cấy tế bào và miễn dịch huỳnh quang với kháng thể đơn dòng đặc hiệu týp. DENV-4 được phân lập trên nuôi tế bào muỗi Aedes albopictus dòng C6/36 trong môi trường Eagle’s MEM (= Minimum Essential Medium) bổ sung 2% huyết thanh bào thai bê và các acid amine không thiết yếu, ủ ở 28ºC trong 7 ngày và định danh týp huyết thanh bằng phương pháp miễn dịch huỳnh quang gián tiếp với kháng thể đơn dòng đặc hiệu týp(2). Chiết xuất ARN của chủng DENV-4 và khuếch đại vùng gen vỏ bằng RT-PCR. ARN của DENV-4 được chiết xuất từ hỗn dịch nước nổi tế bào gây nhiễm DENV-4 và từ huyết thanh bệnh nhân bằng kít Qiagen (QIAampR Viral RNA Mini Kit) và khuếch đại vùng gen vỏ E bằng RT-PCR với mồi tương ứng(7). Giải trình tự nucleotide và phân tích so sánh di truyền Sau đó, toàn bộ vùng gen E được giải trình tự. Sản phẩm PCR được tinh chế và trình tự nucleotide được xác định bằng bộ sinh phẩm Big Dye Terminator Cycle Sequencing Reaction và máy xác định trình tự tự động ABI 310 (Applied Biosystems). Các trình tự gen E của DENV-4 nghiên cứu đang được đăng ký trên GenBank. Phân tích so sánh chuỗi trình tự nucleotide bằng phần mềm MEGA5, CLC Workbench, Bioedit and Blast (NCBI). Phương pháp Maximum Likelihood được dùng để xây dựng cây phả hệ với phân tích bootstrap của 100 bản sao(6). Tốc độ tiến hóa và phân tích dự đoán xu hướng tiến hóa được xác định bằng phần mềm PAML 4.4 và BEAST v1.6.1(4,9,10). KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU. So sánh trình tự nucleotide và xác định genotype các DENV-4 ở khu vực phía Nam Việt Nam năm 2011. Trình tự gen vỏ E của 60 DENV phân lập từ người và động vật linh trưởng được phân tích di truyền và xác định sự khác biệt trình tự nucleotide. Bảng 2: Kết quả so sánh trình tự nucleotide vùng gen E của các DENV-4 Việt Nam C H Ủ N G N G H IÊ N C Ứ U DEN -4 CHỦNG DENV-4 2011 CHỦNG DENV-4 (2000- 2010) GENOTYPE I* II III IV # 0.1-4.9 0.1-4.2 1.6- 7.9 8.1- 11.5 10.5- 12.2 15.7- 17.7 Kết quả so sánh được thể hiện bằng phần trăm khác biệt giữa các trình tự nu. #: các genotype của DENV-4 được phân theo thứ tự sau: I, II, III và IV (gồm các chủng phân lập trên động vật linh trưởng); * sự biến động di truyền gia tăng trên 6% chủ yếu ở các chủng thu thập ở Mã Lai, Sri Lanka, Ấn Độ và Philippines, còn lại toàn bộ các chủng trong khu vực Đông Nam Á đều có ngưỡng dưới 6%. Theo quy chuẩn phân loại genotype của Rico-Hesse, các genotype được xác định dựa trên sự khác biệt về trình tự nucleotide với giá trị ngưỡng 6%, nghĩa là trình tự nucleotide của các DENV-4 thuộc cùng genotype có mức độ khác biệt với nhau < 6%. Nghiên cứu Y học Y Học TP. Hồ Chí Minh * Tập 16 * Phụ bản của Số 2 * 2012 Chuyên Đề Nhi Khoa 194 Hình 1: Phân tích so sánh trình tự nucleotide vùng gen E (1,479 Kbp) của các DENV-4 Kết quả phân tích di truyền phả hệ các chủng DENV-4 theo phương pháp Maximum Likelihood dựa trên toàn bộ trình tự vùng gen E. Số ghi ở nút cuối mỗi nhánh biểu hiện phần trăm kết quả lặp lại với độ tin cậy Bootstrap 100, chiều dài mỗi nhánh biểu hiện ở dạng thập phân, chỉ biểu hiện bootstrap >70%. Các chủng sử dụng để so sánh đều được tham chiếu trên GenBank (bảng 1). : các chủng DENV-4 Việt Nam trong nghiên cứu (hiện đang đăng ký GenBank). Kết quả so sánh cho thấy các chủng DENV-4 lưu hành ở khu vực phía nam Việt Nam năm 2011 trong nghiên cứu được xác định thuộc về genotype I (bảng 2 và hình 1). Trong khi đó, các chủng DENV-4 ở khu vực Châu Á (như Ấn Độ, Sri Lanka, Mã Lai và Philippines trong giai đoạn 1956-1978) lại có độ sai biệt lớn hơn 6%. Đồng thời, nhằm mô hình hóa và xác định rõ hơn mối quan hệ di truyền giữa các DENV-4 nghiên cứu, phân tích di truyền phả hệ đã được tiến hành dựa trên phương pháp ML. Kết quả phân tích tốc độ tiến hóa dựa trên vùng gen E của các DENV-4 Việt Nam trong thời gian 2001-2011. Tổng số 83 trình tự vùng gen E của các chủng DENV-4 phân lập từ người ở 12 quốc gia trong khoảng thời gian 55 năm được đưa vào phân tích nhằm khảo sát sự biến động di truyền của các DENV-4 lưu hành ở khu vực phía Nam Việt Nam trong suốt khoảng thời 2001-2011 (Phụ lục 1). Tốc độ tiến hóa được xác định dựa trên phần mềm PAML 4.4, sau đó được xác nhận lại bằng Y Học TP. Hồ Chí Minh * Tập 16 * Phụ bản của Số 2 * 2012 Nghiên cứu Y học Chuyên Đề Nhi Khoa 195 phần mềm BEASTv 1.6.1 theo phương pháp Bayesian Markov chain Monte Carlo (MCMC)(10). Nhằm đảm bảo độ tin cậy của kết quả phân tích, các giả thuyết về đồng hồ phân tử và tính bão hòa của các trình tự được đưa vào trong phân tích đều được xác định lại với các phần mềm như MEGA5, DAMBE(4,9). Kết quả phân tích được trình bày cụ thể ở bảng 3. Bảng 3: Kết quả phân tích tốc độ tiến hóa và kiểm tra giả thuyết đồng hồ phân tử. Tốc độ tiến hóa được xác định theo đơn vị thay đổi/vị trí/năm BÀN LUẬN Theo kết quả phân tích genotype trên cây di truyền phả hệ, các chủng DENV-4 lưu hành ở khu vực phía Nam Việt Nam năm 2011 đều tập trung vào một nhóm chung với các chủng DENV-4 đại diện cho khu vực Đông Nam Á. Kết quả phân tích genotype của các chủng DENV-4 Việt Nam đều thuộc genotype 1, phù hợp với kết quả đã công bố ở những công trình nghiên cứu trước(7) và cho thấy sự tương quan rõ rệt về mặt thời gian. Riêng các chủng DENV-4 lưu hành ở khu vực phía Nam Việt Nam, mặc dù thuộc cùng genotype 1 nhưng đã cho thấy xu hướng chia làm hai cụm riêng biệt, cụm 1 bao gồm các chủng phân lập từ 1990 đến 1997; và cụm 2 gồm các chủng còn lại phân lập từ 1998 đến 2011 (hình 1). Ngoài ra, kết quả còn gợi ý sự tương quan giữa khác biệt di truyền và phân bố địa lý. Việt Nam gần với Thái Lan nên có tỷ lệ khác biệt tương đối thấp (< 6%, trung bình là 3,563%), trong khi đó tỷ lệ khác biệt đã gia tăng (5,8%-7,9%) đối với chủng ở Srilanka, Mã Lai và Ấn độ. Phân tích sâu hơn trong nhóm genotype I cho thấy có sự phân hoá thành hai nhóm riêng biệt: nhóm 1 gồm các chủng của Việt Nam và Thái Lan; nhóm 2 gồm các chủng của Ấn Độ, Mã Lai, Sri Lanka. Điều này gợi ý sự tiến hoá phân kỳ mạnh mẽ trong các các chủng DENV-4 thuộc genotype I theo trục địa lý từ Tây sang Đông ở khu vực Ấn độ dương, có khả năng xuất hiện genotype mới ở khu vực Châu Á trong tương lai. Xu hướng tiến hóa này của các chủng DENV- 4 ở khu vực phía Nam Việt Nam được xác định rõ hơn trong phân tích về tốc độ tiến hóa. Việc xác đinh xu hướng tiến hóa và tốc độ tiến hóa hoàn toàn phụ thuộc vào giả thuyết đồng hồ phân tử (molecular clock). Nói một cách khác đế xác đinh được tốc độ tiến hóa phải bảo đảm được rằng tất cả các chủng loài đưa vào phân tích phải có cùng một tốc độ tiến hóa. Đây chính là giả thuyết của đồng hồ phân tử. Điều này hầu như là không thể xảy ra trong tự nhiên nhất là khi quan sát trên các loài sinh vật bậc cao trong một khoảng thời gian dài. Trong trường hợp đối tượng nghiên cứu là virus với thời gian nghiên cứu tương đối ngắn thì ước lượng đồng hồ phân tử sẽ chính xác hơn. Tuy nhiên, nhằm bảo đảm độ tin cậy của phân tích, giả thuyết đồng hồ phân tử cần được kiểm chứng lại bằng các công cụ thống kê. Trong khuôn khổ nghiên cứu này, Likelihood ratio test (LRT) được sử dụng như một công cụ kiểm chứng. Test LRT dựa trên sự so sánh xác xuất “Likelihood” giữa hai giả thuyết H0 “tốc độ tiến hóa giữa các chủng nghiên cứu là như nhau” và H1 “tốc độ tiến hóa giữa các chủng nghiên cứu là khác nhau”. Dựa trên kết quả nghiên cứu trước đây, các chủng DENV-4 được xác định có xu hướng tiến hóa nhanh nhất trong 4 serotype là 12,7x10-4 ± 1,01x10-4 (hình 2), phù hợp với kết quả phân tích của nghiên cứu trước đó(7). Đồ thị được xây dựng bằng phân tích tuyến tính trên phần mềm Micro-Origin 6.0, với hệ số tuyến tính R2 với p-value là xác suất xu hướng tuyến tính xảy ra một các ngẫu nhiên. Hơn nữa, kết quả nghiên cứu cho thấy sự tương đồng cao với nghiên cứu DENV-4 trước đó ở Thái Lan trong 30 năm (1976-2002) với 109 chủng(1) có tốc độ tiến hóa là 10,7x10-4 ± 2,46x10-4. Đây là tỷ lệ tiến hóa nhanh nhất của genotype 1 ở các chủng DENV-4 từng được xác định, cao hơn gần 35% so với nghiên cứu của Lanciotti(5) năm 1997 là 8,3x10-4. Điều này được giải thích dựa trên SEROTYPE Tổ tiên gần nhất Tốc độ tiến hóa Mô hình tiến hóa Giả thuyết đồng hồ DEN-4 1953 (1951- 1955) 12,7x10-4 ± 1,01x10 -4 TN93 +G Strick clock Nghiên cứu Y học Y Học TP. Hồ Chí Minh * Tập 16 * Phụ bản của Số 2 * 2012 Chuyên Đề Nhi Khoa 196 sự khác biệt về phương pháp phân tích, nghiên cứu của khu vực phía nam Việt Nam và Thái Lan được phân tích theo phương pháp Markov chain Monte Carlo (MCMC) của Bayse, trong khi đó nghiên cứu của Lanciotti lại dựa trên phương pháp phân tích tuyến tính thông thường. Như vậy, tầm quan trọng trong việc lựa chọn phương pháp phân tích cần được quan tâm khi làm việc trên thuyết đồng hồ sinh học. Kết quả của nghiên cứu ở Thái Lan(1) được đáng giá là có độ tin cậy cao hơn vì thời gian khảo sát dài (30 năm) với một số lượng chủng lớn (109 chủng) và kết quả nghiên cứu có tính đại diện hơn. Do đó, việc lựa chọn chủng nghiên cứu, thời điểm thu nhận các chủng và phương pháp phân tích sẽ dẫn đến những kết quả rất khác nhau. Hình 2: Kết quả so sánh tốc độ tiến hóa của các chủng DENV thuộc 4 seroptype trong giai đoạn 2001-2010 tại miền nam Việt Nam(7). Để củng cố thêm cho giả thuyết trên, phân tích “Áp lực tiến hóa” đã được thực hiện trên vùng gen E. Toàn bộ trình tự axit amin các chủng DENV-4 nghiên cứu được đưa vào phân tích, nhằm xác định số lượng đột biến có ý nghĩa (dS) và không có ý nghĩa (dN) trên từng vị trí và từng codon. Sau đó, tỷ lệ dS/dN được tính toán để xác định sự tích lũy đột biến này là có hay không có sự tham gia và ảnh hưởng của các chủng du nhập hay chỉ đơn thuần là sự tiến hóa tại chỗ. Kết quả phân tích cho thấy tỷ lệ dS/dN là 21,58 (dS=0,367; dN=0,017). Tỷ lệ này phản ảnh sự gia tăng rất nhanh việc tích lũy các đột biến im lặng vượt trội hơn các đột biến có ý nghĩa ở mức độ axit amin. Điều này cho thấy đây là sự tích lũy đột biến tại chỗ ít bị ảnh hưởng của các chủng du nhập(4). Hình 3: Tỷ lệ phát hiện các DENV ở khu vực phía Nam năm 2011. Hơn nữa, sự lưu hành DENV-4 với tần suất thấp trong suốt thời gian dài (2003-2010) so với các seroptype khác tại khu vực phía Nam Việt Nam, lại đột nhiên tái xuất hiện từ giữa năm 2011 và lan nhanh nhiều tỉnh ở khu vực phía Nam (hình 3). Năm 2011, mặc dù DENV-1 vẫn là serotype chiếm ưu thế (41,8%), nhưng đã có 16/20 tỉnh ở khu vực phía Nam Việt Nam có sự hiện diện của DENV-4 với 21,5%, tăng gấp 4 lần so với giai đoạn 2000-2010 (là 5,09%), trong đó Tiền Giang là tỉnh lưu hành DENV-4 rộng rãi nhất (chiếm 59,6%). Hơn nữa, dựa trên tỷ lệ lưu hành của DENV-4 ở khu vực phía Nam, ta có thể thấy rõ sự phân bố địa lý theo trục Đông –Tây với hầu hết các chủng DENV-4 tập trung chủ yếu ở các tỉnh phía Tây và rất khiêm tốn ở các tỉnh phía Đông như Bình Dương, Tây Ninh, Đồng Nai và Lâm Đồng (chiếm 0-3,5%). Sau Tiền Giang, tỉnh Cà Mau là nơi lưu hành DENV-4 (với 38,1%) và là tỉnh phát hiện DENV-4 đầu tiên, rồi lan nhanh sang các tỉnh lân cận (số liệu chưa công bố). Sự tái xuất hiện của DENV-4 trùng khớp với kết quả phân tích dự đoán của nghiên cứu trước đó(7). Theo di truyền quần thể trong tự nhiên, việc đột biến được tích lũy qua các thế hệ thông qua việc trao đổi thông tin di truyền giữa các cá thể. Sự tích lũy sẽ gia tăng khi quá trình trao đổi thông tin di truyền diễn ra mạnh mẽ và ngược lại(1). Do đó, với xu hướng tiến hóa gia tăng nhanh hơn các Y Học TP. Hồ Chí Minh * Tập 16 * Phụ bản của Số 2 * 2012 Nghiên cứu Y học Chuyên Đề Nhi Khoa 197 serotype còn lại trong giai đoạn 2001-2010, DENV-4 khu vực phía Nam Việt Nam đã duy trì hoạt động di truyền mạnh mẽ và lưu hành rộng rãi trong cộng đồng. Tuy nhiên, số liệu giám sát virus học bệnh SXHD chưa cho thấy điều phù hợp, có thể lý giải như sau: thứ nhất, bệnh do DENV-4 thường nhẹ nên có khả năng bỏ sót ca bệnh; thứ hai, có thể là khuyết điểm khách quan của hệ thống giám sát virus học bệnh SXHD trong Dự án phòng chống bệnh truyền nhiễm – thành phần phòng chống SXH khu vực phía Nam Việt Nam, với tỷ lệ xét nghiệm phân lập virus rất thấp (khoảng 3% ca SXHD lâm sàng) nên các ca bệnh thường được chọn để lấy mẫu phân lập virus là các ca có biểu hiện bệnh rõ ràng; và sự lưu hành đồng thời của 4 serotype DENV đã làm cho việc dự báo dịch dựa trên
Tài liệu liên quan